Kontoführungsgebühren sind als Werbungskosten anzuerkennen, wenn sie auf Gutschriften von Einnahmen aus dem Dienstverhältnis und auf beruflich veranlassten Überweisungen beruhen. Da oft schwer nachweisbar ist, ob für eine Überweisung ein beruflicher Anlass vorliegt, können die Kontoführungsgebühren als Werbungskosten pauschal in einer Höhe von 16,00 Euro pro Jahr angesetzt werden. Werden Kosten mit einem höheren Betrag geltend gemacht, ist ein Einzelnachweise erforderlich. Diese Option könnte dennoch interessant sein, da in letzter Zeit viele Banken ihre Kontoführungsgebühren merklich erhöht haben.

Beruflich veranlasste Kontoführungsgebühren dürfen jedoch nicht mehr von Arbeitgeber steuerfrei ersetzt werden. Denn das würde den Ersatz von Werbungskosten bedeuten - und ein solcher ist nicht steuerfrei.